Geert Mak werd geboren te Vlaardingen op 4 december 1946 als zoon van een gereformeerd predikant. Hij groeide op in Friesland, studeerde rechten en sociologie aan de Vrije Universiteit en de Universiteit van Amsterdam en werkte in de Tweede Kamer als assistent van de toenmalige PSP-fractie. Van 1972 tot 1975 doceerde hij Staatsrecht en Vreemdelingenrecht aan de Universiteit van Utrecht. Van 1975 tot 1985 was hij redacteur van het weekblad de Groene Amsterdammer, waarbij hij zich vooral bezighield met stedelijke- en immigratieproblematiek.
Vanaf 1985 was hij onder meer medewerker en stadsredacteur van NRC/Handelsblad en buitenlandredacteur van de VPRO-radio. Voor deze laatste omroep maakte hij een groot aantal reisreportages, met name uit de Verenigde Staten, Azië, Oost-Europa en de onttakelende Sovjet-Unie. In 1985 schreef Geert Mak The Amsterdam Dream, over ‘het probleem Amsterdam’, gevold door, samen met de bestuursfilosoof Paul Kuypers, Aangeschoten Wild, over de bestuurlijke cultuur van Nederland. In die periode schreef hij tal van artikelen en essays over bestuurlijke en stedelijke kwesties. In 1990 was hij mede-oprichter van het Fonds voor Bijzondere Journalistieke Projecten en van het literaire non-fictietijdschrift Atlas. Hij bundelde journalistieke en historische ooggetuigenverslagen in Reportages uit Nederland (1991) en Ooggetuigen van de Wereldgeschiedenis (1998).
In 1992 verscheen De Engel van Amsterdam, een anatomische les over de Nederlandse hoofdstad en tegelijk een serie portretten van de bewoners. De bundel werd gevolgd door Een kleine geschiedenis van Amsterdam (1995) Deze populaire geschiedenis van de stad werd genomineerd voor de Gouden Uil in 1996, vertaald in het Duits, Tsjechisch, Hongaars en Engels. Bij een breed publiek werd hij bekend met zijn Hoe God verdween uit Jorwerd (1996), een zolangzamerhand klassieke beschrijving van de snelle teloorgang van de Europese boerencultuur. (Henriëtte Roland Holstprijs in 1999, vertalingen in Duits, Frans en Engels.)
In 1997 volgde de monografie Het Stadspaleis, een levendige geschiedenis van het Paleis op de Amsterdamse Dam en in 1998 schreef hij het boekenweekessay, Het Ontsnapte Land, een historisch en tegelijk aktueel reisverslag door het hedendaagse Hollandse landschap. In de zomer van 2000 wandelde hij voor de RVU-televisie door Nederland, in de voetsporen van twee studenten uit 1823, Jacob van Lennep en Dirk van Hogendorp, die daarvan een levendig verslag hadden nagelaten. Tegelijk werd een hertaalde versie van Van Lennep’s verslag gepubliceerd.
Maks meest populaire boek verscheen in 1999: De Eeuw van Mijn Vader, een geschiedenis van Nederland in de twintigste eeuw, die nauw verweven was met zijn eigen familiegeschiedenis die hij aan de hand van bewaarde brieven, ansichtkaarten, interviews en ander materiaal reconstrueerde. Van De Eeuw werden inmiddels meer dan een half miljoen exemplaren verkocht, er verschenen vertalingen in het Duits en Hongaars. Een Deense vertaling is in voorbereiding.
In datzelfde jaar 1999, het laatste jaar van het millennium reisde hij voor NRC Handelsblad twaalf maanden kris-kras door Europa en publiceerde iedere dag een notitie op de voorpagina van de krant. Het werd een reisverslag door het continent en tegelijk door de tijd: dag na dag werd tegelijk het Europese geschiedenisverhaal van de twintigste eeuw verteld, voorzien van talloze lokale observaties en gesprekken met ooggetuigen. In 2004 verscheen het boek: ‘In Europa’. Ook dat was een enorm succes: er werden meer dan 350.000 exemplaren verkocht. Het verscheen – of zal verschijnen – in het Duits (2005), Hongaars (2005), Italiaans (2006), Spaans (2006), Frans (2007), Engels (2007), Pools (2007) en Turks (2008).
In 2004 publiceerde hij, na de moord op Theo van Gogh, een tweetal pamfletten: Gedoemd tot kwetsbaarheid en, als reactie op zijn critici, Nagekomen flessenpost. Hij haalde daarin fel uit tegen, wat hij noemde, ‘de handelaren in angst’. Hij zag de crisis in de Nederlandse samenleving niet enkel als een probleem tussen gevestigden en nieuwkomers, maar als een gecompliceerder vraagstuk en spoorde aan tot voorzichtigheid en matiging. Tegelijk voerde hij een vurig pleidooi voor het behoud van klassieke Nederlandse waarden als vrijheid, openheid en tolerantie. Dit standpunt werd hem, althans op dat moment, niet overal in dank afgenomen.
Voor 2007 schrijft Mak het Nationale Boekenweekgeschenk. Geert Mak bekleedde tussen 2000 en 2003 namens de stad Amsterdam het ambt van bijzonder hoogleraar aan de Universiteit van Amsterdam in de grootstedelijke problematiek, de zogenaamde Wibautleerstoel. In dat kader hield hij tal van lezingen over de stad, onder andere bij de introductie van prinses Maximá in de hoofdstad. In 2001 verscheen zijn oratie over het ideale stadsbeeld van de Amsterdammers door de eeuwen heen, De Goede Stad. Wegens zijn verdiensten voor de stad kreeg hij in 2002 de IJ-prijs. In augustus 2012 verscheen Reizen zonder John. Op zoek naar Amerika. Hij volgt daarin het spoor van de legendarische schrijver John Steinbeck, die in het najaar van 1960 met zijn poedel Charley een ontdekkingsreis maakte dwars door het toenmalige Amerika. Zijn tocht beschreef hij in de klassieker Reizen met Charley. Geert Mak maakte diezelfde reis in 2010, precies vijftig jaar later.
Mak kreeg tweemaal, na een stemming onder het Nederlandse publiek over het beste boek van het jaar, de Publieksprijs, in 2000 voor ‘De Eeuw’ en in 2004 voor ‘In Europa’. In diezelfde periode werd hij ook tweemaal gekozen tot historicus van het jaar. In 2004 kreeg hij een eredoctoraat van de Open Universiteit Heerlen voor zijn verdiensten op het gebied van geschiedschrijving.
Geert Mak is gehuwd en woont deels in Amsterdam, deels in Friesland.